SilkBase IMG001 IMG002 IMG003 IMG005 IMG006 IMG007 IMG008 IMG009 kuwako IMG010 IMG011 IMG012

Last updated: 2022/11/18

Bombyx mori Assembled RNA-Seq Entry

NameA_TrvaFAMAMG_TR20167c1_g1_i1
Scaffold_id
NCBI non-redundant
(nr)		PREDICTED:_LOW_QUALITY_PROTEIN:_centrosome-associated_zinc_finger_protein_CP190_[Bombyx_mori]
Ontology
GO:0003677 F DNA binding
GO:0003682 F chromatin binding
GO:0005515 F protein binding
GO:0005634 C nucleus
GO:0005694 C chromosome
GO:0005700 C polytene chromosome
GO:0005704 C polytene chromosome band
GO:0005737 C cytoplasm
GO:0005813 C centrosome
GO:0005856 C cytoskeleton
GO:0005874 C microtubule
GO:0005875 C microtubule associated complex
GO:0006351 P transcription, DNA-templated
GO:0006355 P regulation of transcription, DNA-templated
GO:0007017 P microtubule-based process
GO:0008017 F microtubule binding
GO:0010468 P regulation of gene expression
GO:0016568 P chromatin organization
GO:0031208 F POZ domain binding
GO:0031937 P obsolete positive regulation of chromatin silencing
GO:0035191 P nuclear axial expansion
GO:0043035 F chromatin insulator sequence binding
GO:0046872 F metal ion binding
GO:0051493 P regulation of cytoskeleton organization
GO:0090202 P obsolete gene looping
Transcript
Level		FPKM:0.54 TPM:0.53
ORF EntryO_TrvaFAMAMG23896_complete:A_TrvaFAMAMG_TR20167c1_g1_i1
Sequence
(Nucleotide)
TATAAATTTATTTTTTAAAAACTTATTTTAAAACTATAATATTGTGATAATATTATGTAG
ATTCTGATGTTAAATATAATTACAGTAAATATGATAAGCTACATATTATTGCTTTTTTTT
TATAATCTAGTAAATCATAATAATTAAAAATGTATATCTTGTAAATGCATTACAAGTTAA
AATGAGGTACATTTTATATTGGTGTATTTGTGGTCCATATACCATATGGTACAATTATAA
ATGTGTACAAAATGTAAATCTTAAATATATTTTAACATCTTCATAAGTTTGATAAATTAT
TTGAAGACACTGTTACAATACAGTAATAAATTACAAATTGCATTTCATCTATAATATACA
CTTCTACACTCTATTTGTAGTTGGTATTACATGATAGGTAGCATTTATTGATTGAAAAAG
TAAAGGTGCCTACAATGATTTCGTTTTGCATAGCAGCGGTGGTTAAAGAGCGATTGCGAC
TACCTGATTATGGGAATACAATATTTGGACTTCAATTTTTTAAAACATTTTGGCATATTA
AAAAAAATGCACTATCAATTACATAAGTACCTAAGAGTACTGCTTGTACAATTAAATACA
AAATAAAATTAATGAGTCTGCATAAAAGTACCTATTTTTTTTTTCTAATATACAGGGTGG
CCTTCTCTATTATTCTAGCCAAAGTTGAGTCAATGTTCTTTCGATAGAAGCATTGGTAGT
CGTAAATATACAATTTTATGATTTTACAATTGTTTGATTCCAATAACAAAAGTGGTTCAA
AGTTGTATTTCGATAGGACATTCACTCCATTTCGACTTGAATCCACCCTGCATTGATTTT
ACATAATTGTATTCATAACACTTCTATTATGACGCAGTGTAAGATATATTAACTAAAATT
CATCTACTTATCATAATTTTACGTCACCGATATTTTTCTTGGGCTTACCAAAAAGGTAAT
TTTCTCACCTTACCCAATAACATGCATCTGTCATAATTCAGTCCACAATAACATAAAAAG
TCATTCAACTTTATTACCATCATCATCATCGTCATCCCAGTCACTGACTAAACTTTTTAT
TTTGTCATCAGGCTTTTCAGTAGTTTTTTCTTCATTTCCATCCTGTTCAGCTATAATAGA
TTTTTCTATAATTTGTCCATCAATTATTGGTTCTAAAACTGCTTTAGGTTCTTCTTCTAT
CAGAGTTTCTGTGTTAGTGTTTTGATTATTTTCTGTAGCTGTTTCTTCATCATTTCTTCT
TGTTTCTTCTGTTGATTTGATTTCTGGTTGATCTACAACTTCTGGTAAAACATCAAGTAT
TTCTTTGTCTACTGCTGGTAAAGTATTATCAACACTTTCAGTTTCTTTTGGTACATCATC
ACACTTATTTTCATTTAATTTTGTTATCTCATCGAGATTTTCTTCTTTGTTTAATTTTAT
TAAATCTTCATCTTTGACACCATCCAAGTTGGCTTCACAGGTGTCAACTTTTGGTAAATT
TAAATCTAAATCTGTTCTTAATTTGTCTTCATACTCTTTCGGGAGTATGCTTTCAATATT
GTCATCATTGCTACTTATGTCTTCTTGTGAATCTTCCCAATCACTTAGTAGTGAAGATAT
TTTATCATTTGTAATCTTAGGTATTTGTTTAGTTGTATCTTCATAATTTATAAAAACAGC
AGGCACAACATTCTCATTAACAAGTAATTCACTTTCTACTGATTTCTCAGTGGTAACTTG
TGATGTAGCTGTTGAATTTTCTAACTGTTCTTCAGCATCCTTGGGAGCAGTAGGTGAAGT
TATTTTGTTATCAATGGTGGATGGTGGTGAATCATATTCATCTTCAGACCATTCTGATGT
CAAGTTTTGTATTTTTTCTTCAGCTGCTTTTGGTATAACTTGTGTAGCTATACTAGCACT
TGGTGCTGGTAAAGTGAAGGTGATCTCTTCTTGGGAATCTTGACTTATTGAATCAACATT
GTTATCTAAACTTATGTCAGTTTCTTGTGTGAATATTGGACTGCAAACATTATCTCCTGT
TTCTATAAGATTATCAGCAATGTCACTTGTCTCCATTTTCTCCATGCTTTCTTCAGTGGC
CTTTAGTATATTTGTATTTTCACAGGAAATATTTTCTTGATTGTCTTCAATTGTAGGTGG
ATTGACATCTGGTAGTTGTGGGAGCTGGTCATTAATTGCCATATCCTGCACTATCACACC
TTGAGGAGTATTGTTTAAATCATCAGCTGGCAGTATTTCTTGCTGGGTGGGGTTTTCAAT
ATGTTCCTGAATTGGATTAGATATAGTAGGGTTTTCAATAGTATCTTCAACATTCATGTC
TACTGGAGTATGTATAGGTGATTTAGATGGAGCTGGTACTTCAGGTAAAATACTCATATT
ATTTACAATAACACTTTGATGAGGTATAGCTTGAGGCTGAATTTGTTCTGATGTTTCTAA
TTCAATAGGTTTGCTTGTATTAATAGGCACTGGATTTATTTCATTTTCCCATTCTTGGCT
ATCAATAACATGAGTATCCATCATAGGAGCAGTGGTAGTTACTGTTTCAAAGTTTTGTGT
GATTATAGCTGATGATTGAATTATCTGTGCCCCTTGTGAAGTCAATATTTGGAATTGTTT
ATTAGCACTATCCACAGGATGACTATAAACTACAACTATATTGGAATTGTCTTGTACTAC
AGACTCAGATACATTTAATGGATAATTTTCTTGTATTATCATCATGTCATTACGCTGTGC
ATTATCTAATTCCATAGCTGTAGAGTCCAGGTTAGCAGTATGATTAGATAAAACAGCCAA
TGTTTTATTAGAATCACCATTATCAAAAATAATCGGGTGATTTGCAGCCATCAAGGCTTT
ATATTCCTCTTCATTAGAAACTACAAATTGGATTGGTTGATTCAAGTTTGTTGATTTACT
TAACATAACATTAGATTCATTGACAGTTTCCATTAAGTTAGTATAATCTATTTGACTTGT
AGATGTAGTTGATTGCTGTACAGGATCAGAGTTCATCATTTCTGATATAATGTATTCAGG
TTCTGAATTTTTAGTTGCTCTTGGTATAAGTTGATTGTCTTTCAAAATGTACTCTCTACC
ATCAATTATTACAATTTCTTCACTCTTGTCTACTTCACTTTGTTCTTCTGGGATATATTC
TTTCTGTACAGTGGCTGGAGTATTACAAGTTGTATTTTCTTTAGGTTTGTGTTTGGACTT
TACTAAGCTAAATTCTGGATTGAGAATCTTGTGTTTATTTGGAGTTGAAGGTGCTTTTGC
TTTACCATTGGGTATAACATGGATATTTCCATCTGGTTGGATTTGATAGTGTACATTAAC
TTCTTCATAGTTCATAGCAGGAACTTCAATATCCAGCTCTAGCTTAGGTTTCTGTTCTTT
TGGTTTTTCATCATCAGAATCGTCTAGAATACCGTCTGCTTTTGCTTCTTTTTTTGTGAC
TCGTTCTGAGGTGATTGTATAAAGACTGTTCATTTAAGAATTGTCTTAGACAAAATACAC
AATGAATGTTTCTCTTCTTCTCTGAATTGTATTTGTGCCCAGACTTTTGCATGTGCTGAA
GCAACAGACTTGCCGAGGTGAATTGAGATGAACAAGCATTACACTGGAAAAATGTTGAAT
GTGACAATTTATGTTTTAACAAAAGTCCTTCTGTCAGAGCTATATAATCACATTGATCAC
ATTTTGGGAAGTTATATTGTGGTGATGGATCAACTCCATGTTTAGTGTAAAGGTGGTAGA
GAAGGTGATTTCTTTTGAACACTTTATGTCCGCAGTATTCACATAAAGTTACTACTGGTT
TTTCTTTATGCACTTCTACAAGATGTCTTCGGAACTTATAGTATGACATAAAATGTAATG
CTTTCCCGGGTGTGCCACATATGAGACAAATCCAAGGTCCCTTTATATTCTCAGCCCCCA
TTGCTATAAGCCTGGCCGCTTGTTTGGAGTCTATTACATCAGTTTCATAGGTCATGCTTG
AATCATCTTTTTCAACTTTTGTTTGTATTGGTTTTTGTTCTAGGGGTGCAGGTTTCTTTT
TGTTTGGGGTGTTTAATATTTTTAATTTTATGTTTTTGCTACCCTTTAATAAATGGGAAT
ATTTTTTCAAAACCTCACTAATTATTTTGGCATGATCAAGGTTTGCGGGTACTTTACTGT
TTTTAGTGTCTATCATGATTTTAGGAACCATAGTCTGATCTAACATTTGATCAAAAAGCT
GGTTTGAATCTACTGTTTTATTTTTGTTTGTACATGTTGGTTGGAATATGTCATTTTCAT
CTGTGAAAGTATTCTCCGCATAATTATCTTCAAAAATGTTGTCATCAGCTTTCTTACATT
CTACAATGTCCAAAGTTGATGTTGCACCTTTAGTATTATTAGCAGTGTTAAATAGTCTTC
TTTTCTTGGTATAATGCTTCATGGTTTCTGGGTGCACCATTAATGGTTTAGATGTATAAG
AAATGTTGGTAAATGAACTGTCAAAGATACCATCAGCATCCAATTCTTCTGGCAACTCGT
ATCTAGTGGGCTTTGAGATTGTCTTCTTACCAGACGAACGAGGTGTATCTTTTGAAGCAG
AAGGTATGGTACAGTATACTGCATCTATGACTTTGTTGATAGGCTTGTACACCTTTTTTT
CTTTATTAGCAGTTTTATTATCAAATGCTTTACTGTATGACCGTTTATTGCTAGTTGAAG
GAGTTGGTTCTGCAGTTGTGTGTTTTGCAACATAGAACTGAGGAGTAGCCTGAGCTGATG
CCCGGTGAGCTCTCAAAAGTTTAGTCAGTACCGGCATTTTCATGATAAGTGACGTCTGAT
AAAGTTTTTCAAGCAAATTCATCCGGAATTCCAGTTGTCCTGTGTACATGAAGTTCACTA
TAGGCACAACGACATCCGCCTGAAGATCCTCCGGCATCACGAGACAGTCCTCGTACATCT
CGCATGTTCTCTCCAGAACCTCGAAATACTCCGTGCAGGCATTCAAAACGAGCCTGTGCA
CTTTCAGCTGAGCATTGTCACGAAATTGTAAAGTTAAATCACAATAGTCTGTACGGTTGA
AGAAATGCTTCAGTCTCTGGAGGAAATAAATTCCCCAGTTATCAACTTTCACTTGCTTTA
GTTCCGACATAGCGGCAGCTTCAATGTTTTGTCATTGCAGGTTATATTGCACTTCACGTC
TTCCAATGAAAATCAAAATAACGTAGTTTTTGTATTTCAATAACTTGACTAGAACGTACA
ATCTCCACAGTTTTACTTCACTAATTTCGACCGAAGTTGACAGCGTATACGTAAGATGGC
GCCATGATAATTTTCTTCCGAACAAAGTATCAACCAAGCTTGACCGACATCAACTGAAG
(5399 bp)

- SilkBase 1999-2023 -