SilkBase IMG001 IMG002 IMG003 IMG005 IMG006 IMG007 IMG008 IMG009 kuwako IMG010 IMG011 IMG012

Last updated: 2022/11/18

Bombyx mori Assembled RNA-Seq Entry

NameA_BomoOtmSK_comp14866_c0_seq3
Scaffold_idBomo_Chr4
NCBI non-redundant
(nr)		zinc_finger_protein_Xfin_isoform_X1_[Bombyx_mori]
Ontology
GO:0003676 F nucleic acid binding
GO:0003677 F DNA binding
GO:0003700 F DNA-binding transcription factor activity
GO:0005622 C intracellular anatomical structure
GO:0005634 C nucleus
GO:0006351 P transcription, DNA-templated
GO:0006355 P regulation of transcription, DNA-templated
GO:0008270 F zinc ion binding
GO:0045892 P negative regulation of transcription, DNA-templated
GO:0046872 F metal ion binding
GO:0070895 P negative regulation of transposon integration
Transcript
Level		FPKM:2.82 TPM:3.04
ORF EntryO_BomoOtmSK14134_5prime_partial:A_BomoOtmSK_comp14866_c0_seq3
Sequence
(Nucleotide)
ATGGTATTCAACTAATTATACATAAATATTTTGTATTATAAATGAAGACAAACTTGACGA
ATTTAACATCAGTTTCTTAAACTAAAATTATTTAGCAATTGAATAATGAATGCAAGCAGC
AACAGGTACAATAATTTATATAAAGTATTTATACAATAAGTAATTGCAGCTATCAATCTG
TTGAGATACAATAATGTTCAAAACTAACTATAATTTATACTATATTCCACTGTTTAAATG
TTATCATGTTTTTAATAACAGTGTCACCCATTTTACATATATTTGCACTGCTTTCATGGT
ATAGTATTTGCCAAAGTTTACATGAATCTAAAAATATACTATCTTTGTGACCTTCCAAAT
TTCAGTAATTGAGTTTAATTTTAGCACAAAGATTTAAAATCAAATTGCTAATCTAATATG
GCAAGTATCTAATAATGATTAGGACAAAAACATTTTATTTAAAAAGCAATTATTTGGTTT
CCATACCATATTTCACTTGACCATAAACACAAGAAAAACTATTAGAAATTATTAAACCAA
TAATTCACCAGTTTTAATGTTGACAAATATTTTATCAGTGTTGCATGTCAAATTTTTATT
TTGAATTTCTAATCTGAGATCGTACGGCTGACTTTCATTGTCGATTTTAGTGATTGTAAA
ATTGACGTCTTCACTTGCAACAAAACATTCAGGAGTCAACGCTTTCTGATAGTTAAAGTG
TGTTTTTAAATGTTCTTTCAAGAAATGTGATTGTAGGACTATCAAATCGCAATAATTACA
TTTATGATTTGCAGAGTTTGCAACGTTAACGAGGTCCGTATCGTCATGTCTTTTGTAATG
GTTATTTAAAGCGTCCTGGCGATGGTTAGTGTAAGGACACAGAAGACACGAGTGCAATTT
ACGCTTATTTGTAGATTCAGTTGCACTTGCATCTTTGTTAATAGAAGACATTGATCGCCT
ACGTTGTAATAAGCGTAGTGTTTGTTGATCTCTATATGAAAATTGTTGGAAGTCCGTTTT
AGGCATTCCTTTTGGAATTGTTTTGACTGCCAGTTTAAGGTTATCCGCACATTCCGGACC
TTTCAAATTATTTGAATCTTGTATTTCAGTTTCGACGAAATCACAACCGCCCTTCTTCCT
CTCGGCTTGTGCTTCATCGTTCATTTGATGTTTCCGCATGTGTTGGACATAATTTGCATA
ATATTTAACGGAGTAGTCGCAAAGCTCACACTTGTACCTCTGTTTTGAGCCATGTAAAGA
TAAATGTATTTTATATTGTTCCCTTTTTTCAAACGCAGACGGACATTTATGGCATTTGTA
TCGTTTTTCTTTCTGACGTCCGTTTTTAAGATAAGTTGGATATATGAATTCTGGATTACC
ATGCATCAAAAATCCGAATTGTGGATCGGCTTGAAGCACGGGTGGAAAGTGATCGTTGGG
TTTAACTAATTTATCTTTATCGGTGAGTACTCTTTTCTGCGCTTCGGTCTTTCTCTGGAA
TAAGTCTGTTCCTGAAATTGGAATGTTTTTGTAATCCGCGTCTTCCCCTGATTCATAATC
GCCATTGGAATTTTTATTTTCTTTTTCATGTAATGCTTCGTGTTTTGCCAAATTGCCAAT
GTTTTTGACAGCATAACTACAACTTTTACATTTATATTCGCCTTCGCCACCGTGTAAGCC
CATGTGGTAATTCAGAGCAGAACCTTTAAAGAATTTGGCGGGACATTCTTTACAATTATA
TTGTTTAGGTGTATGTTTGACTTCTTGGGATTTCTTGTTGTTTAGTTCTACAATTTCATG
TTTTTTATTGTGATTGATCACCCAAATTTCAACGCCACTTTCGGTCCGAATAGATTCCAA
ACAAGGCGGCCTGTGGGCAGGATGAGAATTGTGAGCGAATTTAAGCATTCTGGTTTTCGT
GTGGTACTCATCAGAATGAGCTACGGCATGTAAAACCAATTCACTTTCTTCTGATACCGC
GAAGTTGCAGTTTTTACATTTGACGGAGAGGTTTGAATTATGATTTTTATCGTGAACTTG
TAGTTCGGTATCCGTAAAATAACGTGCAGGACACAGTTGACAGAAATACAAAGTTTTGAT
TTCTTTGCTTTCACCGTCTTCATGAGGGGGCGACGAATCATTATTTCCCAATTTTTCAAG
TTCAATGACCTTACGTAATTTAGCCACTTGTTCATCGTCAGGAATGTCGTCCGCGACGGG
GCAATAAATCCGTCCGTATAAGTCACCGTGTAATTTGGAATGTTCGGCCAATTTTACCGC
ATTGTCAAAAGTAAACTTACATTCGGAACATTTGTAGTAAACGGATGCGTCGTTTTCGAA
AACGAGGCAATGAATTTTCTCGTGTATTGGGATTTTGCATTTTTGCGAATTCACATACGA
ACAATAACGACATTTGTACATTTTGTGGAACTCGTTTTTAGCCGACACCCAAACAAACGG
AATTTCATTGAACGAATTTGAGGCCGCATCGGAAATATCATCGGCCCTTAACATTAGTTC
TAGCTCAGCTTCGCTCTCATTTTTCTTTGGATGGATTCCATGCACTCGTAGGTGTTGATG
AAGCAAATGCCGTTTCGAAACGCTATAGTTACATTCGGGGCATTTATAAGGAGTATCGGC
AGGTAACCGGTGAAATTGTTCGTGATACATATACTGCGATTTGCTATTTGTCTCATATGG
ACATTCTGAACATCTATGTCGTTTAGTCGAAGCACCTTGGGGCGTTAAGGCAGAGGCTAA
GTCTGGCAATGGCGATCTGCATCCCCTGGCCTTAGAGATAAAATCTTCTGGATCCTCCAC
GCCGTGAACATGTAAATGTTGTATCAATTCACTTTCGTTTTTCACAAAAAATGGACAAAA
GTAGCACTTAAATACGGAGTTTGTTGACGGTTGGTGTTGTTGTAAATGAATAAAGAGTGC
TTGTTTGTCGTTCGATTTGAATGGACATTTGGTACAAAAGTCAGATGTGATGTCGTCGAT
TGTTAACGATCCAACGGCACTGTTCAGTTCTGGCTTCTGTTTGACCGTTGTTATGACTTT
TATAACGCCGTTATGCTTCAAGCGACAGTGACGCTGTATTACGTGTTTCCAATTCGATAG
CTGGTGGCAATGCCCACAACGATATGCCAAGTCTGCCGGATCTATAGAACTTTCTGGTTT
CTTATTTCGTACCTCATCACTCGCACCTTCGACCTTAGCGTGTTCACGGACGTGCTCTAA
TAACGCATCCTTTGATGGATCTTTGTAATTGCACTTTTTACACTTCCAGAGTGTCCTTTT
TATTACTTTCTTATCTTGATTTGCGATGGATTCAAGTGATGTTTGGAACTCAAAGTGCTT
AGTTTGAAGGTTTAATGGTTGCATATCGTATATTGTGTTGGTATCGTTGAATTCGTCGGC
GGGGTCGTCGACATCCATAGTATCGTCAACGTAAGTATTCGGATCGAGATAACGAAATTC
AGTTTTTCCATTTTCATTAGGCACAGGTATAGCTAAGAATTTTGTGTACTTGCTGTAATT
CCTTCTGCCCGTTTCATCGGTCATCAATACTTTGGCATCGTTGTGATCTGGATCTCTAAC
GGATTTTAATTTGATATGCTTCGTTATGTCCCACCGCCAGTTCGATTTATATTTGCAGAT
AGAGCACTCGAATGGTTTTTTATTTAGATGTCCTACGATGTGGACGTGGAATCTGGACGC
AGTCGAGGCCCAGAAGGAACAATGCGGACATTTGAACACGTTTTTACCGGCCGCCTGACT
CGGCGATAAGTTCATACTTTCGTTTTCATCGACTAACTCAATTTCGTAGGTTCGCGTCAT
ATCTGGAAGCGTTGAATCGTCATTTATGTTTATGTCCAATGGTATTTCGAACTTGTTTGG
CTCGTTCGGCTCGATATTGTTCCAAACAAAAACAACGTTCTCCATTGGATGCGGTTCAAC
GTCTTTATCACGATTTATATTACCGGCGTCGCTTGCCGAATTCTGGTCCTGAGAAATTTC
ATTTTGTTTCAAATTAGTACTTTTCCCACAGCTCTGCATATGAACATATAGATCTGCACT
AGATTTACATCTGTGTCTACAGTTCTGGCAACGCGTTGAACCTGAACTAGGCATTAGCGT
GTTTGTCATGCTTCTGCTCGCCAATGGTATGCAATTCTTTTCGTGTACCGAATGCTCTGA
CAAGCATTTGCTTTGAAAGCTACAGTTTTTGCATATAAGCGATCCTTCCTCGCCGGTTTC
TGTCAAGAGTCGCTTTTTTAGTTTGTCAAAGAATGATTCGTTTTTCTTTCGGCACTCTGT
ATCCTTGATGAAGGTATTATTGGTAAAGCAATTGTCGTATGTAGGACTTTCTGGATTACA
GATCATAGTGTCGGGCGTTTCGGTATCTGAGCATAATTTCATTTTTTTGGCTGGCGGCTC
ATTGTTAGCGGTCTTGTTTTGATTGGGTGTTGACGTGTTTAGGGGTATGAGTTGGGGCAG
GGGTCGAGGAGTTTTTTTATTCCTTTGTCCCTTTGAGTCGTCTGTGCCACTGCTCGGCGA
CTGCTGACTGTGATCATTGTGAACAAAATGTGAGATCTTGTTTGGGGCTTCGGAGGTGTC
ATTTGAATCGCTATTACAGGAGAGGTCCTTCTCCATATTCTGTAATCCCATTTCCGAAGC
GGAGTGTGAGGATCGTGAATCGCCGCTCCCTTCCTCTTCCTTTATGAGAAGCAAACTCGC
TTCGTCCGCTTGTGCTGCGTCACTGGCGCCCACCCGATTGCGACGACGATTGACGTGCGA
GTGGCCCGCCTGTGGCGTGTGGTGATTCATTTCATGTACAGTCAAACTCTGCTTTATATC
CGCAGTAAAGTTGCACATTGAACATTTAAAACTTCCGATACCACCGTGATTTTTCATGTG
ACGGTCTAAGTTCCATTTGTACGGTGTTCTAAAGTCGCAAACTATGCATTTGATCATGGG
CATCGAATGATATTTGACGTGCTTGGTGAATCGCGCTCGTAAATGTGTCACATAGTTACA
CTTATCGCAGGAGAAAAGTTTGTCCTTGCCTTTCAACGGAGTGTCGCCTCTAAATCGTTC
TTCTTCAAATTCTATTTCGCAAGAACGGTCAGTCTTATCATCTGTGCAGTCATCCATGTC
AAGCTGTATATCGTCGATTTCCTCGATCTCTTCTAGCATATCTTCCATTCTATCTTGTCG
TTCTTGCGATTCAATTTCAACATAGCCACCATTTGTTTGGGGCATCTCGAAATCGACTTT
TGCGGTCGTTTGCAAAAGTAAGTCATCATGGACCATCTTAACGTGTCTTACGAGTTTCTG
ATTGTGCCTCGAGGCATAGATGCAGTGGGGACATTCATATATCTTCAACTTAACGAAATG
AGTGTCACGCGTGTGTACCAGATAAGCGCGTGGATTTTGAGTGTAGAACGTGCACTTTGT
ACAGTTGTAGTTTCTTCTTATCTTACAGTGGGGCAATTCGAAATCTTCGGCGGTGTCTGA
(5520 bp)

- SilkBase 1999-2023 -