SilkBase IMG001 IMG002 IMG003 IMG005 IMG006 IMG007 IMG008 IMG009 kuwako IMG010 IMG011 IMG012

Last updated: 2022/11/18

Bombyx mori Assembled RNA-Seq Entry

NameA_BomoN4EE_TR29266_c0_g1_i4
Scaffold_idBomo_Chr10
NCBI non-redundant
(nr)		PREDICTED:_tRNA-splicing_ligase_RtcB_homolog_[Amyelois_transitella]
Ontology
GO:0000166 F nucleotide binding
GO:0003972 F RNA ligase (ATP) activity
GO:0005524 F ATP binding
GO:0006388 P tRNA splicing, via endonucleolytic cleavage and ligation
GO:0006396 P RNA processing
GO:0008033 P tRNA processing
GO:0008452 F RNA ligase activity
GO:0016874 F ligase activity
GO:0022008 P neurogenesis
GO:0046872 F metal ion binding
GO:0072669 C tRNA-splicing ligase complex
GO:2000237 P positive regulation of tRNA processing
Transcript
Level		FPKM:40.93 TPM:54.52
ORF EntryO_BomoN4EE11106_complete:A_BomoN4EE_TR29266_c0_g1_i4
Sequence
(Nucleotide)
AATAAGAATATAAAAATTAAAATGACGACCTAAAGGTCTTAGTTACCAGGTCATAAAATT
AAAATTCCTTTAAAAAATCTTGTTATGTATGTACATATGTACCTATGTACATATAGATAA
AAGTATATTTAATTATTATTATATTATATATTGTAGGTATTCAAATTCTTTAGTACCCTA
GGTACTTGCCTACTTCTAATAAACTCTACTTCTACCTTACTTAATCGATCCACGTATTCT
ACATCATGTTCAGTTTTGTTCAGAAGACCGGATCAAGGTCATTGTCGGTACTACGCCGTT
TTCTTCACAATGAATATATAACTACTAAAGAAAATAATGGAACAAGAGAAATCACACTGA
ATCATGAAAAGACCAAGAATTCACTATCACTAAACATGATGAACCATTTGATAGAAGCTA
TCAATAAAAACAAAGAGGACATATCATTAAGAGCAATAATTATATCTGCAAAGGGTAATG
TTTTCTCTGCAGGCCATAATTTAAAAGAATTACAATCTAGTTCTGGAGTTGACCAACACA
AAGAGATATTTAGTAAAGCCACAGAGTTGATGAAATCTATTATTTTAAGTCCTGTGCCTG
TTATAGCTAAGGTAAATGGATTTGCCACAGCGGCTGGTTGTCAGCTAGTAGCCACCTGTG
ATATAATCGTATGTTCTGACTCAAGCAAGTTTTCCACTCCTGGTGCAAACTTTGGTATAT
TCTGTTCCACACCTGGAATTGCTCTTGGAAGATCTGTTTGTAAATCTAAAGCAACTTATA
TGCTTTTCACGGGTGAACCAATAAATGCACAGGAAGCATATGAAAGTGGCCTTGTCACAA
AAGTAGTTCCAGCAAATGAACTAGATAATGAAGTTGAAAAAATAATTGAAAAGATAAACC
ACAAAAGCCGCAGTGTCATATCTATGGGTAAAGAATTTTTCTATCAACAAATTGAACTGA
GCTTGTTCAATGCTTATGATTTAGGTGAGAAAGTAATGGTTGATAATGTTGCAAGTAAAG
ATGGACAAGAAGGTATAATGAGTTTTGTGGAAAAACGAAAAGCAAAATGGAGTCATAGAT
AAGATTACAAGATAAGATCAAAAGAACAGCAGTTTAGACACTTAGTGATATCTTCTAATA
AATATATTTAATGAAATATCATTTTATTTACACCTAAATTTTATTTGCCACTATATTATA
TAACTCAGTATAATATGCGTTTTCGATTCACACTAAAGTTCAAATTATTTGAAATGACAA
ATCAGCCCAATCATTTATAAGACTATTATATCTATCATATTCAAAAATAAAGAGACTTCT
TATTGTCAGTCTATTGAACCATTAAATATGTTTTCTTGAAAAAAGTTAAATTTGTACATA
ATATACATGAACATAGTATATAAATTTTAATTTTGTGTTACGAGACTAATTCCTATTTGA
GGAATTTGACAGCAGCAGTACAAATAGCTATAAATTACAAAAAAAGTTGCTTCTCAATTA
CACTTTGCTGTAACAAATAATAATACATTGATTTATCTCAGATATTATTCATATTATTAT
GGAAATGGCATTGCTCACAACAAAAATTAAACATTTACGCTTGAACCATTTATGAGTATG
GAATTGCATTGATAGTAAAGTTATTATTATCAACCACCACACTATATAGACAGCTTCTCT
TATTATTGAACATTAGTTATTTTAGACTAAACATGTAGTTTAAAAGATGTTTTGATTTAT
GTTCATTCTTGTTAATTGATCAAAGACACAGAGACACACATTTTCATGGTAAATTAACAC
AATATTATCGACTTTAGTAGATCTAAAAATATTGGGGCATATTATCACAAACATAAATGT
GCAGATATTACATTTTAATTACAGAAAATAAATAAATGGATTCCTCCAATTCAAAAATTC
TACAAATAAAAACATGAAACAAGACATACATATATAAAATGATATATAATTTGCTTAAGT
CTTTTAGTTTGAATAGCATGAACAACATTATAGTTGAAGTAAATCGGGAATGTATTTTTC
CTTGTTTCCCTGGGATTGATCTTGAACTTAGCTTCATTTCTTCGCTAGCTCATTGGACAG
CCAATCAAGACCTTCATAAAGCCCCTGTCCTTGTGTAGCGCATGTTGCTTGGATGTACCA
CCGTCGATTTCTCAGATTACCAAGGTTTAGGGCATTCGTAAGTTCTGCAGCAGTCATCGC
GTTTGGCATGTCTTGTTTATTAGCAAAAACTAAAATAACTGCATCTCTAAGCTCGTCTTC
TTTTAACATATTAGCCAACTCATTTTCGGCTTCTGCTATTCTTTTTCTGTCACTAGAATC
TACAACAAATATCAAGCCTTGAGTGTTCTGGTAATAATGACGCCAAAGAGGCCTGATTTT
GTCTTGGCCGCCAACGTCCCACACGGTGAAACTAATATTTTTGTACTCAACTGTTTCCAC
ATTGAAACCGATTGTCGGTATCGTAGTCACGATTTCACCGAGTTTTAATTTGTAAAGTAT
GGTAGTTTTACCCGCAGCATCTAAACCAACCATAAGAATACGCATTTGTTTTTTGCCGAA
CAATCTAGTAAATACACTTGATATTGTTAGACCCATGATTATTTATAACGTTTATATTAT
TTACAGTAATTTGAAAGAAAGATTACGAGTTTTCTTGTGAAGTTAACTAAACAAACGACA
AAATGATAAAGTTTTTAATCTCCTTTTTGTTCTGACCCATAGATTATACACTTATTATAT
TCGAGCTTGCACTTCTCTGAACGCTTCTTTCAATTTTCAACTAAGTTTTCAATTGCCATT
TACCTACGTTTTTCAAACCTATCCAGTTAGGTTTAAATAGCATTAACACACCTTTTCGAT
ACACAAGTAGTGCAAAATAATGGTTGTAAGGCAGTATAATGAAGAACTTAAATATTTGGA
AAAAATTAATCCATATTGTTGGAGAATTAAAAAAGGCTTCCAACCAAATATGAATGTTGA
AGGAGTGTTTTACGTTAACAGTACACTTGAGAAACTAATGTTGGAGGAGCTTAGGAATTG
TTGTAGACCTGGTATGTCAGGTGGATTCCTTCCTGGTGTAAAACAGATAGCTAATGTTGC
AGCTTTACCGGGAATTGTAGGCCGGTCAGTGGGATTGCCTGATGTTCATTCTGGATATGG
GTTCGCTATAGGAAATATGGCAGCTTTTGATATGGATGATCCCAAATCTATAGTATCTCC
AGGAGGCGTAGGATTCGATATAAACTGTGGTGTTCGTTTATTGAGAACAAATTTACATGA
GAAGGATGTTCTACCTATTAAGGAACAATTAGCTCAGAGCTTGTTTGACCATATACCTGT
TGGAGTTGGCTCCAAGGGTATTATTCCAATGAATGCACGTGATTTGGAAGAAGCATTAGA
AATGGGTATGGACTGGTCTCTAAGGGAAGGTTATGTTTGGGCCGAAGATAAGGAACACTG
TGAAGAATATGGAAGAATGTTGAATGCTGATCCATCAAAAGTCAGTCTCAGAGCAAAGAA
AAGAGGTCTACCTCAACTGGGCACACTAGGAGCTGGAAATCATTATGCAGAGATTCAAGT
TGTTGATGAAATATTTGATAAATATGCTGCTGGAAAAATGGGTATTGAAAGTATTGGTCA
AGTTTGTGTGATGATTCACTCTGGAAGTCGTGGTTTTGGGCATCAAGTAGCAACTGATGC
TTTAGTGCAAATGGAGAAAGCTATGAAGAGAGATAACATAGAAACTAATGATAGACAACT
TGCATGTGCCAGGATAAAATCTGTTGAAGGTCAAGATTATCTTAAAGCTATGTCTGCTGC
TGCCAATTTTGCTTGGGTGAACCGTAGCTCAATGACATTCTTGACCCGTCAAGCTTTTGC
GAAACAATTTAAAATGGCACCTGATGATCTTGACATGCATGTCATATATGATGTGTCTCA
TAATATTGCCAAGGTTGAAGAACATGTAGTAGATGGGAAATTGAAAACTCTACTAGTACA
TAGGAAGGGCTCAACTAGAGCATTCCCACCAAATCATCCATTAATACCTGTGGATTATCA
ACTAACTGGTCAGCCTGTACTTATTGGTGGTACAATGGGAACCTGCAGTTATGTACTAAC
TGGTACTCATCAAGGAATGACAGAAACGTTTGGATCCACATGCCATGGTGCTGGTCGAGC
TCTGTCTAGAGCCAAGTCTAGAAGAAACATAGACTACAAAGAAGTTCTAAACAAACTTGA
AACTATGGGTATTTCCATTAGAGTTGCATCTCCAAAACTAGTAATGGAAGAGGCACCAGA
GTCATACAAGAATGTAACAGATGTCGTAGATACATGTCATGCTGCTGGTATTAGCAAAAA
AACTGTTAAATTAAGACCAATTGCAGTTATAAAAGGATGAACTCACTTTCCTAATGTGAT
TATTAATTATCATTCTTTTTAAAAACTGTTAAGACAGTTCATATATTGATTGAATTATCT
AATTATACTATAATAATATGTAATGGATTTCCTAAAAACTTGTGAAGAATTTGTAAAGTA
CAACAACAAATCAGTTGAAATAAGCACCATGAAAAAATTTATTCCTAATAATAAAATTTC
GTCTGTTTGTATTTAAAACATGCAGTTTTTCTATTTCATTCATGTTTTTCAAAATCACAA
ATACAAATGTTAAAACCTTAATCTGAAATATTGCTATACGATTAACTACACCAGACCTTG
GAACTCATATATCTAGGTGGGTGGCGGTATTTACGATGTAGATGTCTATGGGCTTCGGTA
ACCACTTAACACCAGGTGGACTGTGAGCTCGTCTACCCATCTATG
(4845 bp)

- SilkBase 1999-2023 -