SilkBase IMG001 IMG002 IMG003 IMG005 IMG006 IMG007 IMG008 IMG009 kuwako IMG010 IMG011 IMG012

Last updated: 2022/11/18

Bombyx mori Assembled RNA-Seq Entry

NameA_BomoMG_comp40804_c0_seq1
Scaffold_idBomo_Chr5
NCBI non-redundant
(nr)		RNA_binding_region_containing_protein_1_[Bombyx_mori]
Ontology
GO:0000166 F nucleotide binding
GO:0003676 F nucleic acid binding
GO:0003723 F RNA binding
GO:0003729 F mRNA binding
GO:0003730 F mRNA 3'-UTR binding
GO:0005634 C nucleus
GO:0005737 C cytoplasm
GO:0005829 C cytosol
GO:0006397 P mRNA processing
GO:0006977 P DNA damage response, signal transduction by p53 class mediator resulting in cell cycle arrest
GO:0006978 P DNA damage response, signal transduction by p53 class mediator resulting in transcription of p21 class mediator
GO:0007049 P cell cycle
GO:0007050 P regulation of cell cycle
GO:0008285 P negative regulation of cell population proliferation
GO:0008380 P RNA splicing
GO:0010830 P regulation of myotube differentiation
GO:0030154 P cell differentiation
GO:0043484 P regulation of RNA splicing
GO:0044822 F RNA binding
GO:0070935 P 3'-UTR-mediated mRNA stabilization
Transcript
Level		FPKM:10.08 TPM:7.97
ORF EntryO_BomoMG21266_5prime_partial:A_BomoMG_comp40804_c0_seq1
Sequence
(Nucleotide)
TTTTATTATGTATTCCCTTCATATGTGCATGTAGTACTTATTTAAATATACATAATTATA
GATACATAAATAAAACAATATTTAATTGTGCTTAATATTACTGTTCATGAAATGCACTAA
TAATGGACTGTTTAGACATTACGGCACTGTCATGGCATAGTATTCGGTTCATAAGAACAA
ATAAAAGCTATCAAAAAAATAAGTAACGTGATGTTGGACAGGGAAAACATCGGATTATTG
TCGTTAGTGAAAAGTGACTATGTCACAGATTACCATGTGTACATCTTAAATACTTATAAT
CACTGCAATCAGTTTGAGTCCAAGTCGTAAACTACAGACGTATGTATAGCTTTTAATACA
ATTTGAAAATATTTACGTATGAAAGATATTTTTTTAGAATTCAATATTTCCTAATTTTTT
TGGGAGGATAATATATCATTTTTTGTTTTTATATTAAAAAATACGTGTTAGACTGGAACG
CCCAATTACAGTGTGAAATGAAAAAATAACCCGAGAGATACATACTTAAAAACCATACTC
TTCCTACATTTAAATATTATGTGATGTGATTGATATGTGTAATTAAGTCACATATGATAA
TATAGTTTTAAATTGTATTTTATCCTATTATTATTTTAAATATTAATGAATTGAATGTAT
AAAGTATATTCCTCTGTGTTTTATATAGTATGATATAATATATAATATAAAATAGTATAT
TATTTTCTAACATATTTATACTTTTTTAAGGCAAGATGGCCACATAATATGGCTCACATT
ATATTAATATGTACCATTTGGTTTCAGTTTTTATCTATGCATCGGAGTTTACATAAATTG
CTCCGAATTATCCCCCCGAACACTTCGATCATTTAAATAAGGTTATTCGTTAAATATTTC
AGTTTTATGACAATTCTTTCGCACCCCATACACATATGTACGTTACATACATTTTCTAAT
GCGATTAATTAAAATATTTCTCCTGAAAAAGAAGGAATCTTATCGTACGATACATGAATT
TCAGTTTTATTAAGTCAATGTTTCTAAAACATAACTAAAATACTTGTACATGTTGAGTAG
GTACACGGTATTTTCTTTTTATACACATTATTATATGTACTACACTCAGTACAAGGATCC
CTAATTATATTTTAATACCATAGTGATATCTGATCGAATGTTTTATAAGACACGTTTGTG
TGGATTATTTGATGAGTGTTTAGTGAAAATTCGGCAATAACACGTATAATGTCCAAAACT
GAGTACTTATAGTTTGGGACGTGATGAGATATTTAAGTTTCTTAAAATAAAAATGTCACG
AGATGATAAAAAAATAGCCTTTCCGTAAACAAGTATGTATGTATGTAAACACCGCATTTA
AATCAAATTAAATCCACTTTTGAAAATGTTACCGTACGTATCAGGAAAAGATTTTCATTA
CGGAACATTATAGAAAATTCAGGGTTTAATATTATTATTACATTTTAATCCGAACCTTCA
CTTATTATAGATATTATATGTGCCCCGTGCTAGTCGGTCAGCAGTAGTAACAATATTTTT
CTTTTTTTTTTCTTCATAATAAATAGTTATCAACATGTAGATTTACAAATATCAACAAAA
TAAATTACGAATAACAGCATAATATTATAATTATTATTATATAAGCTTACATGCTAAATT
TCAGTAATCTATTAGGTGTACTGATTAATTATTACACTATATCGCCGGTTGTTTGTAGCT
TTTCTAAATTTAAATTATCAGCTGTCAAATGGCAAGAAGCTGATTGGGAGAAGTTTGAAT
TTTTTTTTTAGAACAGCTTACGCAACCGACAATCTTATGATCCTCATTAAATTAAAAATT
ACATGGACTAGTAATTGAATAATTATTCTACCTAGTAAGTACCCTATACCGCTTTGGAGC
AAGAACTATAATTAAATATTTTACGGGCAATTACTAACATAGGTTTTCGATATATAAAAT
AAGTACAGTAACTTACGTTTTAAGTATAATATACTATAGCCCTTTATTGCTCTCCCTCAC
CTTAAGCTAAATGAAGCCCTATGCAGGCTTTATTGAGCAACATGGACATGTTAATAGAAC
GAACAAATCTATTTTCTTTCAGAGCTTCTTTGCTATTTCTAATATATGATCTTTAAGTCA
ATTTTTTTTAATTTTTTTAATCACTGAAATAGAATGCAAACGAATTTAAATTTAAAATAT
CGATCGTCGAACATTAAATACAGAAACCAGGTTGTAACTGGAATTTACTAATGTTATAAT
GTCAAGTTTAGCAAGCCTGTGCTATTCATCAGTTTTAGAAAAATAAAATTCTCATACATA
TCAACACATTACATTGCTGGGGCAATGCATACACTTCAGTGCCAATATAAACTAGCCTCT
AGTTATGGTTTTTCTAACTGTATTCATTCAAGTTGACAACCAACTTTATATCTTTGTACA
TAATTTCTGTTTATTTTTAACCGACTTCAATAATAGAATTCGTTTGTTTTTTTCTTATGT
TTCACATAACTCAGATATTTTTTCTAAGTAAACTGAATTTGAATAATTTCATTCAAAAGC
CGGTGCTTACCGTGTGGTCCCATTTAAATTGAATCAAGGTCTGACTGGTAGTTTTTGAGT
TATCCTTAATAATGCACATTACATTGACTTCAATTACATACATTAATGAAATTGTCATCT
TATTGTTTTGAAGTCGGTTTTATTATGTCAAAATGTTGGTTATTAGATACTGCGTAGACG
CGTAAGATCATTGTACACCAGCTTCAGTCGCTGGTGATTACATAAGTAATCCTATTAAAC
CGATCTTCAATATATCAGTTACGTAATATTATTACTTTAGTAAAATAATAACTATTATTA
CTATTACATCACTATACTGGCCGGTGTACCCAAATACTTTCTAACTTCTAAATAAAAGCT
TATAGCTTTGGTCATGATTAGCGTTCATTTGGTTAAATAGATAGAAACTATGTCTTCCCT
ATTCTTGTCTAAACTTCAATTTGGCCTCGTACTGCTGCATGTTAACAGAATCTAGAAGAT
TCGATTCTAGTAAGTACTTAAATTTCTATATTAATAAATCAATTTTAGAATCGCAAGCTA
CATTTGTGATTTTTCATAGTATTCCTCGTATGTGTCAATCTAAGGCGGAACTTATTTCCC
GATTATAAGTAAACTTAAATGTTTTCATTTACATAAAATCAATGTTTTTTACTAAATAAT
TATCTTTTTCAATAACGAATGTCAGAATACTTGTTACTCAAAATTTTCTACTTAACCTTT
CTTTAAAATCCTTGTAATCTGAATTTTGTATATCACAAACGTAGCTCGGGTTAATAATTA
AAAACTTTCTACTGCATCCTCGCCTCCTGCAGTTGAGGAGGATACGGCAATGGTGGAAGT
AGCGGTCCCTGGACTCCTCCCCCGGGCAGCGCATAGTATGGCGAGACGTAACCAGCGCCT
GTGGCTGCAGCGGCCGCTGCAGCAGTGGCGTAAGGATCAAATCCTGCTGCAGCGTATTGC
TGTTGGTACGCAGCTGCGCCCTGGGCTGCGGCAGCTTGGTATTCGTATAGGTGGTTGGCA
GCCGCGACTGCCGCAGCGTGTTGGAGCTGAGGCAATTGTACCAGCCCCCCGGCGCCGGCA
CCAACACCACCACCGACGCCACTCATTGCGCCCATGTAACTCGGAGTTCCGTACACATAT
CCAGGAGACAACCCATAGTGCGCCGGTAGCACTGTCGGATAGCCTGCCCTCACTCCTGCA
GCCGCGGCAGCGGCCAAGCCAAACCCTGGTGCGAGATTCCCTCTAGGTTTAGCTCCAAGA
ATAGCGAGGTTAACGTTGGCCTTCCTACCATCTATGATGGGATTCGGATC
(3890 bp)

- SilkBase 1999-2023 -