SilkBase IMG001 IMG002 IMG003 IMG005 IMG006 IMG007 IMG008 IMG009 kuwako IMG010 IMG011 IMG012

Last updated: 2022/11/18

Bombyx mori Assembled RNA-Seq Entry

NameA_BomoIG_DN31389_c2_g1_i5
Scaffold_idBomo_Chr1
NCBI non-redundant
(nr)		endoplasmic_reticulum_mannosyl-oligosaccharide_1,2-alpha-mannosidase_[Bombyx_mori]
Ontology
GO:0004571 F mannosyl-oligosaccharide 1,2-alpha-mannosidase activity
GO:0005509 F calcium ion binding
GO:0005783 C endoplasmic reticulum
GO:0005789 C endoplasmic reticulum membrane
GO:0006486 P protein glycosylation
GO:0006491 P N-glycan processing
GO:0008152 P metabolic process
GO:0016020 C membrane
GO:0016021 C integral component of membrane
GO:0016787 F hydrolase activity
GO:0016798 F hydrolase activity, acting on glycosyl bonds
GO:0030433 P ubiquitin-dependent ERAD pathway
GO:0036508 P protein alpha-1,2-demannosylation
GO:0036509 P trimming of terminal mannose on B branch
GO:0044322 C endoplasmic reticulum quality control compartment
GO:0046872 F metal ion binding
GO:0097466 P ubiquitin-dependent glycoprotein ERAD pathway
GO:1903561 C extracellular vesicle
GO:1904380 P endoplasmic reticulum mannose trimming
GO:1904382 P mannose trimming involved in glycoprotein ERAD pathway
Transcript
Level		FPKM:4.01 TPM:2.23
ORF EntryO_BomoIG12593_complete:A_BomoIG_DN31389_c2_g1_i5
Sequence
(Nucleotide)
GTCCATTAATTTTAAAGTCTATTGAAAACAAAGTAACAGCTCTATTTTTTAACTCACAGA
TCAAAATGATGGTGAATATACTGAAACCTTAAATAACTGAACTTTCAATATGAGACAGCA
AAACTTAGAGACACATCTAAATTTTAATATAAATAATCATACAAATAATGTTAATGATAG
AAAATGGGTCACCAATGGAGAGACAGCAATATTACTTAATGATCCAGCAATATCACATAC
TAAAATTATAAGGAAATGGAATCGTCTATCACGTCTTCAGAGATCCATAGTGTATGCTGT
GCTAGTTGTGACTGCAACAGCTCTTTTGTTGCTGTATTTTTCTAAAACTGGTATTGTCAT
CATTGAGCGAGGCAATGAAGATTCAGTTCAGGAAAAATTAAGAAACACATCTCTAAATGC
CAAACCTGCATTGGACAACACAGTTCAAATAAAATATGATCCTACAGTGTATGAGAGGCC
TGTTTTTACAGGACCAAAAAATGATCGGCAACGGGCATTGGTGGAAAGTTTTAGACATGC
ATGGAGAGGGTATAAAGAGCATGCTTGGGGCCATGACAATCTAAAACCAGTCTCTGGTAT
GGCTTCTGACTGGTTCTCTCTTGGACTTACAATTGTTGACAGTTTGGATACAGCTTACAT
AATGGGACTAACTGATGTATTTGAGGAAGGCAAGCAATGGATCAAAGAAGAACTAATATT
CACAAAAAATAAAGATGTTAATTTCTTTGAAGTCACCATTAGAATACTAGGTGGCTTGTT
AACAAATCATTATTTCACTCAAGACCAGCTATTTCTTGATAAAGCTATTGACCTCGGAGA
CCGTCTCATGGCAGCATTTTCGTCACCATCTGGCATCCCATACTCTGATGTGAACTTGGG
AGCTAGAACTGCTCATGCTCCTGAATGGTCACACTACAGCACCACAGCTGAAGTTACTAC
TGTGCAGTTGGAGTTTAGGCAACTGTCCAGAGCTAGTGGCAACCCTATATTCGAGGAGGC
AGCAGCAGCCGTTTCCGAGAAGATTCATCAGCTACCAAAAAAACATGGACTTGTTCCAAT
ATTTATTAATCCGAATACAGGACATTTTCTGCCTCACGCCACCATCACTCTCGGAGCAAG
AGGGGATAGTTATTATGAATACCTGCTAAAACAATGGCTCCAGACTGGGAAAACAATCAA
CTATTTACTGGATGATTATTTAACCGGCATAGAAGGTGTACGTGAATTTTTGGCAAAACG
TTCATCACCTAATAAACGATTGTTCATCGGAGAGTTGTCTGCTGGTTCAGAGGCTTTCAA
TCCGAAAATGGATCATTTGACCTGTTTCTTGCCTGGAACATTGGCCTTAGGTCATTTGAA
TGGCCTCCCCGACTGGCACATGACAATGGCCGAGGAACTTCTCTACACTTGCTATTTAAC
TTATGCTGCACATCCAACGTTTTTAGCTCCAGAAATAACACATTTCAATCTCGCGAGCAC
AACAGATGATATGTATACGAAATCGGCCGATGCTCACAGCTTATTGCGACCGGAATTTAT
TGAGAGTTTATGGTATATGTATCAAATAACTGGCAATACTACCTATCAAGAATGGGGCTG
GCAGATATTCCAGGGCTTCGAAAAATATGCCAAAGTGCCAAACGGCTATTCGTCTCTAAC
AAACGTGAAATCTGAAAATCCAATACCACGTGACATGATGGAATCTTTCTTTTTGTCAGA
AACACTTAAGTACTTGTACTTATTATTGAGTGACGATCGCTTTCTCATCGATTTGAATAA
GTATGTCGTCAATTCGGAAGCGCACCCTTTACCTATACATAAAAATTAGTGAGATTTAAA
GTAATAATAATACGTTAATGTTTATTTAACATAAGACGTATTCGCATGATTTAGTAGAAT
AAGTCGCAATTAGCTAAATATGCCGCACTTTTTTTTCTCAACTAATATGTCAGTATATTT
ATTTTAAAATGAGCACTATCATACTTAAAATTCATTCGTCATTCGAGTAATAACTGCAGG
ATTCAGTAGTTTTCAGTAAAGTTGAATTTGTTGACGGACTCCTCACTAAACATTTAGAAT
TTAAAGCTGTGATCATACGCGAATTACAATCAGTATTTATATTCTGACGTGCCTGTTACT
TAAATGCCTTATACGTTAAGGGAGGGAGAGCGAGCTAAAGTTATCACTGGATGTTAGTTT
GAGCGGAATTAGTCAAATTATTATTAATGCGTGACGGGTGCGTTAATGTTTTATTTTAAC
AGTAGGTACAATTTACAATTTTGACATATTAAAATTGTCTTTCCATAAAATTTGACAGTT
AAACAGTTTTACGCACAACGAACTAACTCCCTTCGATTTCTCCTTAAAAACATACTTCTG
ATTTTTCAATAAACAGTTTTACCGTCAAATTATTATATATTTAATTGTATTGTTTAGGGT
TTGTGTGGCGGTAGTTTAAAAAAGCTTCGTGATTGCACATCCGTATCACGAATGTTTGTG
TTCATTGAATTCTCTTCTAAAAGCAATTTATTATGTACTTATTAGATTTAATATTATATT
AAAGAATATTATTTATTATGTAATAATGAAATTAAATGAAATACGTAAGTATAGTACTTA
TTTTGACTCGATTCGTGAATGTATTTGTTGCATATGCATATGTTGTTTGTAATTATATTA
TAAGAAAACCGATACATGATAATTTCAAGCAATATCGTAAAGATTAAGTCGAAAAGTCCA
TGGTTACGCGCCAAAAAATTTCGTAAAAATATTAAGAAAGCTAGAAAAAACATGCTGTTT
TTCGTGATATAAAACCAGTGAGATTTTTCTAATTAAATTTAAGCTAGTTTGCTAGCGAAT
GCCACTAGATGAAAAATAGGACGTACCGTTTTATTCGTCAAATCGAATTTGTGCCACAGT
TGCTGTAACTGAATAACATATATCACATTACATAAATTGGAACAATTTTATTTACAGAGT
ACAGCAATGCACAAAAGTATTACAGTATTTTATGGGGAGACTCGTTCTTTTTAAATATAC
GTTTTGAATAATTTTTAATATTGTCCATGGGTTCCACATACATCATCAGAATGAGGTGCT
TTAGTCTGTGTCGTTGAAATTATATTCTTTCACAATTTATTCAAATTCCATCCATAAAAC
TTTTCAAACACATAAGCGAATTATATTGTACTTTAATAAAATAATTTAAATGTTTAGTGT
TATTCGTGCTAGTAATTTATTTAGGTATTAAGAAATTTACCTATACTTAAAATAGACGTT
CATTTGTTGTGTATAAAAATTCAACTTTTAAATTATATAAAGATTTACTTAATAAGATAC
AAAATTATAGAGACATAGAGATGAATAAATATTTAAAAATTTAACTGAACACGGTTATTC
TGAATGATCCGGCCTGTAAAATTTAAATTTAGTATCACTCAAATGAAGGCCAAGTCCATT
AGAAGACTCATCGTGTAGTGGTAACATGTATAATTATTTACACATCAAATGAACGATCTC
TCTGCACAAATAAGTGCTAGCATTGTTGATAGTGAGACTTTTCTATTAATATTTACATTT
AGCTTTACACATTATAGATGTTCGATTTTATTGACTTGTTGAATAAAAGTATTGTATCAA
TTCAATAATAATAATCATAATAATAAATTTATTTCTCTATTACATTGTTGACGAATTATA
GAGGCGATTGAAAAATATGTAATAGCTTGATAACACGATGGATCCCAATAAAAGCGGGAC
TTGGACTGGAATGTATTCGAGTATGATTATCTCATACATTGCATTTATGTAGTTATATGC
TGAAAACGTTAAAGTAGTTTTTCTTAATGTAGAACGTGCGAGTTTTGCAATTGCAGTTGC
AAGTTTGGCGAATTCCTATTGCGGAATTTTGGATTTGTTCAGCAAAATAAGTCATTGTAC
AATCGAGAACCATTCGAGTATTTAAAAAAATAATTAAATAAAACTTGTTCAAGTGATTTA
TATTTAAACTTTTGCCTTTTCAGCAGCTCACTACTTTTATTGTTACAAGAGTAGCCCAAA
ATATTAAAAATTAGAATAAACAGACTGATGTGTTTATAAACACAAATAATGCCTATTTCA
TGAAATGCTGAAATATTAGTTAGGAGTTAAAATGCAAAACTTAAGTTTCTTATGCAGATA
AAAGAAACAGTATATGTTTATTTGCATTAAGTGAGATATAATCAAGTTAAGTATTTCAAA
CTGGTTGCCTTACAAGTACATAATATTATGAGTGTTTAAAATTAAATTCGCAGAATATAA
TCGACTGAATGAATTGTGCAAATTCTTTGAAAATAGTATCGCGTAGTGCACTTTTGATGA
TTATGAAAATTGTTATATTTTTTCTATTGTAATTAAACAGAATAAGATTCGCTAGAAATT
CAAGTAATGTAGCATACAACGCACACAGTAGCAATTTGATAATACAATTTTATATCACTT
GTTGCAAATTTAAAGATACAAAGACACATGTTAGCATTTATACTGTAGGTAGATGTAACA
GAAAAAAGTATTTTTACATGACTAATATCTACTTTAATAATTTTTGATGGAATTATTTGC
AATTATCATTACTGCGTATAAAAACATTAATCTGAAAAGGTTACTGCAAAACAACCCTTG
ATTATAAATGTAAATAAATATTTTAAAGTAATGATATTATATTTTCATCTCTTAGTCATT
TTTCTTGTAACGTAGTAACTACTAAGTCTCCTTTAGATATTAAGTATTTAATATTCACAG
TGAACATTTACACAATTTGTATGTAATATATTATAACGTATACCAAAAAATTTATCAAAT
TCATTAATTGGTCGGTAGTGTCACAAAAATATATTTATTATGAGCACTAATTGGGAATAT
ATTATTGTGTGCGAGTTAAGTAGTGTAGATTTTATTGTAATGGTTATTAGAAAATTTATT
AGTTACCATGAACTAGTGTGCGCTTGTGTTAAATGCGGTGCATTTACGCAATTCGTTGAT
AGTTTAACATAATATATATATTTTAATATAATTAATTTCGTATACATTTGTATTTAGTAA
AGATTCAATATATGTAGAGTATTATTTTAATTTTAGTTGTTATTTGTCTGTATTATAATT
TTAAGTCAATCCAAAATTGACCTTTACATTTTCTCAAGTTTGTTTCTTCAATTTATACCG
CATATTATTGTATTTGCATTGTAAATGTTTATCAAATGACTTAGATGCCTGTTGTATTTT
TATTAGAATATATTGAGTGAATTTATTTATAGGACAATAATCTAAAACCATTAAACTTTA
TTTTGCAATAAAAATTAAACATAGTGAAAATACGAAGAGCGTTTGTAGACTTTTTTAATT
TTATTAATGACTATTAACTTACATACGCAAATCGTATACTTTGTAATTAAATTTTAGTCG
ATCATTAAAATTCGCATTTATTTGTTGTTCGTAAGTTTAAATAATTTTTTGTTGGATTGT
TTATATTTTTATTTATTATGTTAAAAGCATTCTACGCTCCTTCCAGTATTTCTTAGAAGA
TTTAATACTGTAACCATAATAGCAATAATATTATCACAAACTATTAGTTGTAACTATAAC
TTAGTATACTATTTCATTGTTTGGTTTTTTATATAATCGCTTTTATCTCTAATATAAACT
ACCACTTCATTTATTAAGTAGTTTAGTTATAAAATATTTCGACTATGGATTTAAATGGAA
AATAAAGAAAACAAGCATATGGTTATCTGAC
(5791 bp)

- SilkBase 1999-2023 -