SilkBase IMG001 IMG002 IMG003 IMG005 IMG006 IMG007 IMG008 IMG009 kuwako IMG010 IMG011 IMG012

Last updated: 2022/11/18

Bombyx mori Assembled RNA-Seq Entry

NameA_BomoIG_DN30751_c4_g1_i2
Scaffold_idBomo_Chr3
NCBI non-redundant
(nr)		U5_small_nuclear_ribonucleoprotein_40_kDa_protein_[Bombyx_mori]
Ontology
GO:0000375 P RNA splicing, via transesterification reactions
GO:0000398 P mRNA splicing, via spliceosome
GO:0005515 F protein binding
GO:0005634 C nucleus
GO:0005654 C nucleoplasm
GO:0005681 C spliceosomal complex
GO:0005682 C U5 snRNP
GO:0005732 C sno(s)RNA-containing ribonucleoprotein complex
GO:0005737 C cytoplasm
GO:0006396 P RNA processing
GO:0006397 P mRNA processing
GO:0008380 P RNA splicing
GO:0044822 F RNA binding
GO:0071011 C precatalytic spliceosome
GO:0071013 C catalytic step 2 spliceosome
Transcript
Level		FPKM:3.06 TPM:1.70
ORF EntryO_BomoIG101477_complete:A_BomoIG_DN30751_c4_g1_i2
Sequence
(Nucleotide)
GGCTATTTTCCTTTTGCCTATACAATTGTCAAATGAAACAAGCTAAACAGTCCTTATACC
ATTTTTAAGGTTAGTATTTCTGTTTGTAGCTATAAAAACAAATAGGTAAATAAACATCTT
AAAAAATGCCAGATATAGAAACTAAAAGAAAAGCAGAGGATGTGTCTCTTGTACCCTCCA
AGCGAGTACGGCATGAGATCTCAGTAGTCGGCACCAGAGAAAAGGCAGTTGTTACTTCAT
CTGTTCCACGAACATCAAACTTGTATGCGCCAATTATGTTGTTGGAAGGACACCAAGGAG
AAATTTTCACAGGCAAATTTCATCCTGAAGGCAAACATTTGGCTTCTGCAGGCTTTGACA
GACAAATATTAATATGGAATGTGTATGGTCAATGCGAGAATGTGATGGTGATGAAAGGTC
ACACGGGAGCAATAATGCAGCTTTGCTTCTCACCTGATGGTTCACATTTGTACACTGGAG
CTACGGACAATACTGTAGCAGTATGGGACGTACCCACCGGGACTAGAATCAAGAAGTTAA
AGGGTCACGCTAACTTTGTGAACTCTGTTTCAGGAGCAAGAAGAGGTCCAGAACTCTTAG
TTTCAGCTTCAGATGATAACACCATAAAATTATGGGATGCAAGGAAAAGGAATCCAGTTG
CATCGTTTGACAGTTCATATCCAGTCACAAGTGTACTCTTCAATGATACAGCTGAAAAAA
TTTTATCCAGCGGTGTGGACAATGTCATCAAAATGTGGGATATAAGGAATAATCAGATTT
CCTTGAAAATAAAAGGACATACAGACACGGTTACAGGATTATCATTGTCATGGGATGGTG
CATATCTCCTGTCCAATTCAATGGATAATACACTCCGTATTTGGGACGTTAGACCGTTTG
CACCAACAGAACGCTGTGTCAAATTAATGTCTGGCCACCAACACAACTTTGAGAAAAATC
TGCTCAGATGTGCATGGTCTCAGGATGGCTCCAAGGTGTCAGCAGGTTCTTCAGATCGTT
TCCTATACGTTTGGGACACAACATCCAGAAGAGTTCTTTACAAATTGCCTGGACACATAG
GATCCGTCAATGATGTGGACTTTCATCCAAACGAACCCATAGTGTTATCAGTGTCCAGCG
ATAAACAGATTTATTTGGGAGAAATTGAAAATTGAGGACTGATTTTACTTTTAAATTTTT
AGTTACACAATTTCCTGTCTTGAGTTTGATGATCTTAAGCAAGTACATAAAATAATAATG
AATGCAATTTGGTCGTGATTATTGGAAATCTACAGGGTGTGGAGACAAACAAAACAATAT
TAATTTACTAAAAGTGTATAAAAGATCAATGACAATGTGTTCGTATTACTGTTGGCAGGT
TATTTTGGTTTGCAGGGTGGATATCAGTCTTACTATACAATTGTGAAAACCGCCTCATGT
CTCAAGCAGGATAAAACATTTACATGGGCTTTGGTAATGTTTTACTTCAGGTGATCCGGA
AACTCATAAAGCCAAAAAAAAAAAACATTAAATGTATTAAAATGAAACTTAAACTGACTG
TAATAAAAAACACTTAAGTCCAAATAGAACATTTAACATTAGAAATAATTTACCTTTACA
CTAGAATATAAAATAAAAGTGGGTTTAATGTATTTAAAAGATTTTCTAAAATTACATTAT
CAGTGCATATATATTTTTGTAGTTGATTGTTCGATTAAATGCAAAATCTACTCAATTTCA
CATTGGTAATTAAATTTGGTAGCAATGACAGGAACCAGAGATGCACATACATCATTATTA
TTCCACATTTAACTGTAATACTGAAGCGATATAAATATGTAAAATGTAATATAGGAATAC
ATTTAATTTATAAGCAAAATTTGTCTTTTATTGTGCAGTGTTGAGATCTGTGAATAGTAT
ACAAATACGAGATACATTGGATTGTATGCATTCTGTTGAAGTTCTAAAGTATTCCCTACT
ATCACTGTTCTGTTCAAATGTTAATGCTTGATTTTGTATTTAATCAATATCTTAAATGGC
AATAAATATGCCACTGACTGTCAATGTAAGGGGCTGAACAAGGGGCAATGTAAGGCCATT
CCTATTAACACTTTTTTATTTGTACCTTAGATTAGTAATCAAACTCGTGGTCTAGTGTTA
AATTGTTATCAGAACATAGACAACGCAATGTTAATGTGATAATCCAGTTTGAGACATGAG
GCCTAAGTCTCAACTGTAGCATAACCAGTGTCTTATCCTTCAAACTAGAGTACATAACTA
CTTCACAGCCTAAATGGTAGGACCTGCCCGTGCAAGGTCACAAGACTACCTAACTCCAGT
CTGTTGGAATTTTGGAAATACTCATTAATGTCAACTCATAATGTTGTTTATACACGTTTC
AATTGTTACATAACTCTTGGGGTGGTGCTATTTCAGGTACAAAACCTAACTGAAACTTGT
CACTTTTAAATGCTTCCAAATCGTCTGGTGTGAGCTCTTCCATTTTACTATAAACACCAC
TCTGTTCTACTGAAGGCACGTTTTGTCCAAAAATTGATTGTTGTGTATTTGACTTTTGGA
AGGTATTAGTATCCATATTTTGCTGCGAGATATTCAATTGAAATGGTGAACCTTGAGTGT
CGTTCTGTTTAAACAAATTCTGATTTGCACTAGCAAAGATGTTGGAAGGATTTTGTAAGT
TTTGATTGGTATTACTGAACACATTGGTTTGATTTTGTGCAAATACATTCTGATTGGCCT
GAGCAAATATTGATTTTGCTCCGGCATCCGTTATTCCTAACTGTGTACTGTTTTGTGCAA
ACATATTATTTGTAGCTCCATTATCAAACATGTTTTGTGGGTTGTTTTGTGAGAAAATTG
AAGGTGTTGGATTGTTCTGAGTGAAAACAGAACTTTGGACTGCACTCCTGAATACTGAAG
TGGCCGCACCACTGCCGGATTGTGTCGCTGTGAAAGGAGACAGCACAGTCTGCCCTTCTT
TATATTGCATTATCGATCGTAGAACTTTGATCAAATGTGGTGTTGGTTGTAGCAATTGTT
CATATTTCTGTCTTGTTTCTCTAGTTAAGTTGTTAATGTAAGCAATAGCTTGTTCTAAAG
TATTATTTCTTTTCGATTCATATATAAAAAGCCTCATTTCCTCTGGTGATAGATCATGAA
TTCCCGGAATTATCGGCTTCTCCTTGTAGGGTGCATAACACGAGAGTATCCATTGGCTTC
CGTGTAGTACTGATTTAACATCTGTCTGTACTTGATTCACAAGTTGTTCATCAGTGTGCT
CCGTGTTAGTCACCACCGGCTGTGGAGTTGTTGCATGATATGTGTATTTGGAACCGTAAA
CATGTTCAAATCTACAATTTTGGCCGTATCGGCAGTAGCCTTGCTGGAAGAACTTGCAAA
CAATCATAATTGGATAGTTTTATTCAATTATAATATGTAATTAGGTAGGTACATGGTAGG
TAGGTAGGTATGTAGGTAAATGTAAACAGTTTCTATTTTTATAAAAAAAATTAAGGTATT
TTATGCCCTGGTAACTAAGTATTTTAGGTCAAGTTTTATTTTAATATACATATATTCTTA
TATTTATTAAAAATACTGAAATGGGGTGAAATTAAATGAAGTTGATTAACTAGAGACATT
AATCAACTGAGATGAAATTAAATGAAATGAGATGATATGATATGGGATGAAATATAATCT
CAGTAAAAT
(3729 bp)

- SilkBase 1999-2023 -