SilkBase IMG001 IMG002 IMG003 IMG005 IMG006 IMG007 IMG008 IMG009 kuwako IMG010 IMG011 IMG012

Last updated: 2022/11/18

Bombyx mori Assembled RNA-Seq Entry

NameA_BomoEE_comp68593_c0_seq1
Scaffold_idBomo_Chr11
NCBI non-redundant
(nr)		PREDICTED:_nucleolar_protein_11_[Papilio_machaon]
Ontology
GO:0000166 F nucleotide binding
GO:0000398 P mRNA splicing, via spliceosome
GO:0003676 F nucleic acid binding
GO:0003723 F RNA binding
GO:0005634 C nucleus
GO:0005654 C nucleoplasm
GO:0005681 C spliceosomal complex
GO:0005689 C U12-type spliceosomal complex
GO:0006397 P mRNA processing
GO:0008380 P RNA splicing
GO:0030626 F U12 snRNA binding
GO:0032502 P developmental process
GO:0097157 F pre-mRNA intronic binding
Transcript
Level		FPKM:5.38 TPM:9.38
ORF EntryO_BomoEE16622_complete:A_BomoEE_comp68593_c0_seq1
Sequence
(Nucleotide)
AGTCTATGACGCACACATGTCACTTAAATTTATAGAATAAACACATACGCATGCGTTGTT
GTCGACATTATTTTATTATTTTCCTTCAACATCGAAATAAGTACATACATACATAATTAT
GCATTTTAATAATTAAACAACATTTATGTGCATTACCTATGGTTGAACATATTGATATTG
AAACGTAAAGAACCATGGCAAAATTTCATAATTACTATGTTTTGTGTCCACTGATAGATC
AAAAAAGTTTTCTTGGAGTTTCAAAAGATAAAGAGGATGCTAACGTTTTAGTAACTTTAG
GTAGAAATGTTGTTAACAAATACAGACTTTCAGACCAGAAACAAGTCGGAGGTTGGACAT
CGAAAGATCATATAACTTCAGCTGTGATCTATGATGACACAAATGGTAATTACATAGGGG
TCTTCAATAACAACATAATCAAAACATGGCAAGAAGATTCAGCTAATTTAGACAAATCAA
AGAAGTTCAAGTTTTCACTAAACATTCTGAAACTGCTGCCAAGGAAAAAGAGATCACCAT
TAATAATATTCTCTGATGGAAATTGTTCATCACTATCTTATGCAATTGAGAACCGTAAAA
GTTTTGAAAACAAACCTGTTTTCAAAGAAACCGAAACCATTGTTGATATATCTTACTATG
GAAAATATAGTGATTGCATATGCTACATAACGAAAAGTAATAAAGATACATTTGATATTG
TAACCTGCCCACTCAGGGAAGAGCTCTGTGATCTAGAGAGAACAAAACTGAATCGGACAA
AAATATTACGAGATGATGTAAACGTCGTAGGAAAAATAATTTGCATGGAAACCAATTGTG
TCTATGTTATATGGAGCGATTCAAAAATGTCAGAATATAACTTAGTACAGAAGAGCTGGA
GAATAATAGGAACTGTTTCGTGGATATCAACTGCTTCAAGTATTTCTCTTGCTTGGATGG
GCAAAAACCATCTCATCCTATTTGGCAGCAACATGGATCAAGATGGAGCCATAATAGTCG
CTTACAATACTACTTTAGGAGTAGGATCCTGCAAGTACCCTATGAAAATGTACACAGAAA
ATGCTAGAATTTATTGTTTTGATAACAGGATTTGCCTAGAAGCTTCTAATCATATTGGTA
TGTTACCTTACATTTTGGAAACAAAAAGGAATCTGTCTAGCCTTCTTGGATCCCATGAAG
TTATACTGGATGAGGAAACTGAAATAGCTAATTGGGGAACACCCACAATACCTTTGTTTC
CAGTGGATGATCAAATAAAAGGTCTACTAAAACTAGGTCTAACAGAAAGGAGTATATGTG
CTCAAATTATACCTAATTTACTGGAAAAAGGTGATTTTGTGAACATAATGTGTACTATTC
GAAAATTCAGTGACATACCTGAATCTGTTTTAGTGTCAATCCTAAAATATGCAGTCAAAC
TAGTACAAAGTGAAAATGTAGATATCACTAAGCCCGAAGAATTCCATGCCTACTGTAGAG
AACACAGTGTGACAGAAAAAGAGAAGTTTAGATTCTTAATTGATACCTTCACTATAACAT
TCAGTGATGCTCTTGTTATTCCACATCTGCGTAATGGTCTTACTTTAGAGGATACTTTGT
TTCTGATTGCCTATATAACATATTTGTTGGTTGATCCTGGAATTGACTTAAATCTTGAAT
ATGAAAGCAAGCTTTATGATTGGTGTATGTTATTGTTGGATTCCTTTTATCAGCAATATT
TACTGACAAGAGATGACACAGTAACCCACGTCTTGCAGAACATGTTGAATGTAATTATAG
ATTTGATCAAGCCATTAGAGAACATGAGTTTATTATTAGCTAAAATGCAAAACTTAGTTA
TGGGAAAGAATTTTGTTTTTAAAACAGAAAAACAATTGTCATACACAATTGAATCTATTA
TAATATAGAGCTCGAAACAATGTTTAATTTCTTTTTATCCCTGAAATTAACTAACATATC
AATGCATCTATTTTGGCCAGAGTTTGAACCAGGGTTTTGTTTATTTTTGTACTTGAAATT
AATTAACATATTGACACTTGAAAGGCAGTCCTTACCATTAAAAATACGAAAGTTAAATAT
ATCATTCCTGTCTGCAGATTTTCTGCATCCAGGGCTGATAATTCTACTATTTTTACTGTT
GCTGATTCAGGACAGGAATTACTATTCCAGTATTAACTCGAATCTTGTGTTTACCAAGTG
ATAATATTAGGATTTAAAAAAAACCTTATGAATATGAACTGAGTTGATTTATTATGTACC
CTCATGTTTAATATCATCAAGCGTCAATATATTATAATTGCTTAATAGTGTTTTTTTCTA
TTCACATACTATGTAGATTGTATGCTATCTATTTTTTTACTAGTATACAATTTTATGAAA
AATAGTCTAGGGTTTACATATGATTTCCAAACTAAAATTTATATTCAATACCATCAACAT
CATACTAATTTCATACAATGAATGAATGAAACAACAGTTTGCATAGATTTTTGAAGACAT
TATGGAAGATATTATTATTGGCCAATATCATTCATTATTTATAGTTAATATTATATATAC
ATATATAATATACCTATTAGATATACTTATTCATTCTACACGGTTAATTTAAATATATAA
TATAAATAAAAAATATTAACATTATTTCATCTAATTTCTCCACTTTTCAATTAATTTGTG
CAGTGAATAGGTCATTTATGAAAGACAGGAACAAGAATATCCAAACCACAAAGTACAATA
GGTAAGTACGCTAACCAATGAAAAAAAAAATGGCACAGATATTAGATACATTTTTGTTAA
TATACTTTCCAAGAAATCCTGTATATAGTACACTTGGTGTATTGTTAGACTAAATTTAAA
TATTCGTACCAAATTTATTCTATAGTTCGTTTATTGGCTGCTCTAGCAAACTGTACAATC
ATAGGTCTGTCTTTCAACATGAAACCATTTGTTTCTGTGAGTGCTTTTTGTGCAATCCTC
TCCGATGGAAACGTGACAAATGCTTGACCTTTCATCCTTCCCTCTTGCATGACTCTCACA
TCAAAGCCTTGGCGTTCTTCCTCAGTGAGATCTACAACATATAGCCGATAAATCCTCTCC
ACATCTTCACTGGTCACATTTTTGGCTAAATTTTTAATGTACAGCCTCAACGATGGTTGA
CCCGGGTGGTAATTTTTAAATACTGGCAGAATCTTCATGTCATAATGAGATAGACGATTC
TTTAACAATTCTTTTCTGGTTATTATAGGTTGTTCAGGTTCAGAAATACTCTCTTCAATG
TTTTGAGGCTTTTCTTCTTTGTCATATTTTCCAATTTCACCGATGACTTCAGGTTCTTCT
ACTGGTTTCTGTAAACTGTCTTGAGACACCATAACACATATTTTCTTAGGCTCCTGTACA
GCTGTAATATCAAATACTTCTTCTTGATTTATAGGAATTCTTTTCATTTTTGCTTCTGGT
GGCAAAGTAGCTGGAATTTTTCTTGAAGGTTTAGGCAATTTGTGTTTTCTTCTCACCATA
ACAGGGATCACGGGATGTTGATCTCTGGATTAATGTCCGGATATTGATATTTCAAGTGAG
GTGAAGGGGGCTGATAAAAGTCTACGGATGGATTCCAAGCGTTAAGACTACACAGGAATC
GCTTAATCATGAGGGTAGCAGCAGAATCAAGTTTTTGTTTGTTTACTGTTGTGACAGGCA
CCTTTTCAGTAGAATATTCGACAACTAATCTTCTTCCAGCTAATTCGAGTTGATGTAGCC
GCAGTAGAGAGTGTTTGGCACGCTCCATCGTTCCAAAAGATGCGAAAACATAATTACTTT
TCTTGGAGCTCTCCCATACAGATTCAGCCCCGAAATGTTTCAAAAGTTGTTCCTTGTCAC
CTAATGAAAGGCCAGTTGGCAAATGCCTAATCATTAGTACTTTCGACATATTTACAATAT
TCGAAACAAATTTTGAATTTCTACATTGAATTAAATAGGGTTTTTAAGTTTAAACGGTAC
ATACATACATAGACCTATCTAATTTTTACATACATTTATATTAAATTTTTAAGGGATTTT
ATTACCTGGTAACTAAGACCTTTAGGT
(4107 bp)

- SilkBase 1999-2023 -