SilkBase IMG001 IMG002 IMG003 IMG005 IMG006 IMG007 IMG008 IMG009 kuwako IMG010 IMG011 IMG012

Last updated: 2022/11/18

Bombyx mori Assembled RNA-Seq Entry

NameA_BomoASG_c30465_g1_i1
Scaffold_idBomo_Chr1
NCBI non-redundant
(nr)		cold_shock_domain-containing_protein_E1_isoform_X1_[Bombyx_mori]
Ontology
GO:0003676 F nucleic acid binding
GO:0003677 F DNA binding
GO:0003723 F RNA binding
GO:0005737 C cytoplasm
GO:0005743 C mitochondrial inner membrane
GO:0005794 C Golgi apparatus
GO:0005886 C plasma membrane
GO:0006355 P regulation of transcription, DNA-templated
GO:0044822 F RNA binding
GO:0070937 C CRD-mediated mRNA stability complex
GO:0070966 P nuclear-transcribed mRNA catabolic process, no-go decay
Transcript
Level		FPKM:23.79 TPM:18.25
ORF EntryO_BomoASG19180_complete:A_BomoASG_c30465_g1_i1
Sequence
(Nucleotide)
CAAAATTCAAAAATCATAATTCTATATTTAATTTGGATAAAAAAGAGCTTTATTGAATTT
AATTAACCAAAATACGAAGTTTGAATAGGTAGTTCAACATAACACAGAACCAAATCGTGA
TAAATGTTGACATTCAATATGGCGGTATGTCGTCAGTGCTATGCTGTGTCGTGCTTGTGA
ATATCGACTTACAAACGTGCAGATAGCAACACGATTTTATTATTGTCTGCAACCGAGCCA
ATGCATCACGGAGCTCCGATTCAGCAAGCATTGAAGACATCTGAGGATTTAGCTTAACAC
AATTTAAAGTACATAATTTTATTTTGCAACAATAGTGGTTTTGGTGTGTATTAAATGGTC
ACAGTCGCATTGGTACATTATGTTCGCGTGAACGCAGACTTTATAAATATGATTTGATTA
AAGCTTTGTAATCGCTGTAGATTAAATTGTGACACCATAAAATTAACTGTGATATATTGG
TAATAAAACAGATTTTTGACTCTTATACAAAAAACCTAAGAAAAATATAATGTCTAGTAA
TCCTCAGTGGAAAATGTTCCAACCGCCAGATTCACACTCATCTCCCCTGCAAGATATTTT
AGATCTCCAGCACTCCAACATGCAGCACAAATCTTCGTATCGTAATGGTACCTACAGCAG
TGAGTACCCAAGTTCTCCTCGGGATAATTATAATGGTGGTTCCAAATCAAGTGGTGGAAA
CCGATTCTCAGGTGGATACAATGCTGATGGATGTCCAATGGGTGACTCAGCATATTCATC
TTCTTCAACCAATAACAGTTCATCCCAATATGACTCAGTCAATCACCCACCTATTAGAGA
GACCGGCATTATTGAAAAACTTCTCCATTCTTATGGTTTCATACAATGCTGTGAGAGGCA
AGCCCGTCTTTTTTTCCACTTCAGTCAGTTCAGTGGTAATACTGAACATCTTAAAATAGG
TGACCCTGTGGAATTTGAAATGACTTATGATCGTCGAACAGGCAAACCAATTGCATCAAC
AGTCACTAAAATTGCACCGGAAGTGGTATTAAGCGAAGCTAGAGTCACAGGCACTGTAAC
AACAGAAGTAAAAGGTGAAGGATCTGGTGATAATACAGGTAGAATATCCTATGAAACTCG
TGGAGAATGTTTCTTCTTGCCCTATACAAAAGATGATGTTGAAGGGAATGTCACTTTACG
CACTGGAGATGCTGTCAGCTTTCAAATTGCAACTAATCAAAGAGGAACATTAGGTGCTTG
TCATATACGTTTTGAGAACCCCGTACATCCAGTTAAATATCATGGAGTTGTCTGCTCCAT
GAAAGAAAATTTTGGTTTTATTGAACGTGCCGATGTTGTAAAAGAGATATTCTTTCATTT
TTCTGAAACTAAATGTAAAGAAGAATTGACTCTCGGTGATGATGTCGAGTTTATTATACA
AACTAGAAATGGCAAAGAAGTGGCATGTAACATTACTAAGTTACCAAGTGGTTCAGTTGT
GTTTGAAGATGTAAGTCCTGAAATAATGCGTGGTCAGGTGTTGAAGCCTTTGGAACGCGG
TAACTTGGTGCGTGCAACACAGAACGATCCTCTCCCTGGGCGCATCCGATACCGTGCTGC
AGATCATTCTGAAGTTGAGGTCCCCTTTGGAGATAAAGACCAGTGTGGTGAGTTTACGCT
CCGACACGGAGATTGGGTGCAGTTTCAAGTTGCAACCGATCGTCGTGATCAGCTCAAGCG
CGCCACTAATATTTCTCTCCTCGATGAATCTTTTTATGTATCTGGCGAACGGCGGGAGCA
AGGCCTCGTGTGCTCTCTGCGGGAAGGGTTCGGATTCATCCGTTGCGTGGAAAGAGAACA
GACTATGTTCTTTCATTTCGCCGAGGTTCTTCGCTTAGGACAAGATCTCACCGTTGGAGA
TGAGGTGGAGTTTACCGTTGACCATTTATCGACATTCTCGAACATGAACACGCGGCAATC
AGCTATTCGCATCAAGCATCTCTCGCCGGGCACGGTTCAGTTCGAGACTCTGATCGAGCG
CGGCGTCAGAGGTGTTGTGACCAAGGAAGCTCAAGTGTACAACAACACCGGCAGTCCGAC
CCGACAGCCTCCACCGGATACAAATGGACTAATCTCTTGTCAGATTAATCAGACTAAGAA
ATCTCTGCCTTTTATGGCCAAAAAATGCGAATCAAAAATGCTACCCCGTGTTGGAGACAA
GGTCACCTTCGACTTATACCAGGTTAAACGCACAAAGGAGCTTGTAGCGATGTCAGTACA
AGTCCAACACAGTCTTACAAACGGCAACTCGAGTAATGGAAACGGCAGCCGTCCCATCAT
GCAAGGTTTCATAGCTGCTCTGAAAGATGGATTTGGTTTTATTGAAACATCAGATCACAC
CAAAGAAGTGTTTTTCCACTTCAGTAATTTGGAAGGTAGCCCGGAAAATTTGGAATTGGG
CATCGAAGTCGAGTATAGTTTGGGTCGCCTGAACGGCTCTGGCGGGGGCTGTGCAAGCGC
TGAATACGTCCGTGTTTTGGCTCGAGGTACTATACCTATTGCGAAGCCGCTAGAACCAAC
TCTAAATGGAACTGTGACGAGAACCTTACGGGCTCTGAACCCTGATCAAGCCCAATATTC
CGGTTTGATTCAAGTGGAAGGTGGGACAAGCTATGAGTTTGGCATTATGGGATTATCATG
CAAGCGTGAGATTCTGCAGGTTGGTGATCCAGTAACTTTTCAAGCTGACATAGAGGGACG
GGCCAGTAACATAGTGCCAATTAGAAAGAAGCGACGTGCCATTGTTGACGCCATAAAAGG
TGTTTTTGGCTTTTTGTCTGTCGACGGCGAAGATACTCGTCGTTTGTTCTTCCACATGTC
TGAGGTTCGAGGTAATCCCTCCGAGTTGCAGTCGGGGGATACTGTTGAGTTCGTGATGCT
TACTAATCCTCGTAATGGGAAGTCTTCTGCTTGCAATGTCGTTAAAATAGCGAGCAAGGG
TAAAGTGAGAAGTGAACGTCCAGAGCGGCTTCTCTCTCGGCTCCGGACGGCTTCGTTGGA
GGAGTCGGCAGGGCCTCGAGTGATTGCTGTGCGCACTCCACGCGGCCCCGACGGATCGAG
AGGCTTCCGTCCGCGTCGTCCCATCGCAGAATTGTTGGCCGAGTGAGACGTCTTGGTCGA
CCAACCCGCAACAAGACCTGAACATTTTACAGCTATGTACGTAGTTAAAAAAAACAGCTA
TCGGTTTGATTTTCGATTTAAATTGTTTCATTGTATTCGTGAGAGACTGACTGATCCTCT
TTTCATTAGCAGCATTTAGATTGTGTTTTGTTAATTGTGTCAAAAGTAGGTGACGAAGGA
AAAGAAAAATAATTCGTTACTTTGGCCCTTTCGATAGATCGGCTCGCGTATCACCTATGT
CGCTTAATGATCAATAAGGAGTTCAACATATCAAGTTTATTGATATCGTTTTTTATTCGC
TATTTTTTTTTTAATTTTCTTTTATAAGAGGTTCTTTTTCGCATAGACACGTTGTTCAAA
ATTCCAACTATCTATTTATTGTGTAGCATATTACGGTTTGCCAAGTTCAATTATGTATTT
GTATAGGCTACTTGGCGGACACATAACAAATGAAGGTCGAATTAAAATTAAAAACGCATG
TATTACATATACGTCCATTAAATATACTTCTCTTATATGTATTGAATATATGCTTTGAAA
ATTTTGAAGCATTTTTATAATTATATGAAAAAAAAAAAGAAACAAAACTGGACCACGTCT
GCAAAGTGATAAACAAACTTTTTGTATATTTATGTACAGTTCGCGAAGATCGGATATAAA
AATGGAATGTTATTTATTATTTGATGGCTTGCTGTTATGTTGTTTAAGAGATCTCTGTTA
TACGAAACATGTTCTGTGATTTTGTAAAATTTACGTGCAATAAACTATGAAATGAATTAT
GAGCTACTTTTATCAATGATGTAATCAAAAAGTGAAATCAATTTCAAAAATAAAATGTTA
ATATTTTAAATACAAAGTCCTTACAGGACAATTCTGCTAGTCCTTTAGTGTTATGTGTTT
TCTCTCCATTGTTATTTTACTTCATATGCTATGTGTCGCCAGAAAATTAATACTCTTGTA
ATTTACCAATAATTAACAGTACGACGAACAATCACTTGCAACAGCAATACATTTGCTATG
AATTATGCAACATTTTTTTTACCAAAGACTGAAATAAAAAATCATTTGAGTAAATAAGAT
TGGTGTTAGATTTAATTTAATTGTATGTTGCACACATATCTATAGTACGAGTATTTTGTG
GCAGTTTAGATGTTTTTTCTTCATAATCTACAATAAATAAATAAACATTAGAATACAAAC
GTATTGCCTTTCATATAAGCTTAAACGTACGGAATTACGTTTTTGCTTGTTTTCATATTT
ATATAATAAAATATTGTACATAATATGTTTGTATCTGACGAAGAATCGAATTTAGCTCGG
TTAAGAAAATTAGTTTTGGCATTGTACAGACATACATATATATTTTATGAACACCTGTCT
TACTACACCGCAATAAGGATGTGATAATAATAATTTCCTGAAGCGCGTGGAACTATCCAC
GTAACTATTCGTAGAATTAATCAACATGTGCCTCACTGGCCAGCCGAGATTAGGCTTTAG
GTAACGCGACCGTAAAAAGCTTTATAGTGCTACAAGGATCTTTATGAATGTGATCGAAGT
CGGTTCTGGAGACGTTACCGACGCATCAGTGTTGCCAATAACAAAAAAAAATATATATAT
CAGAGAATTAGTTTATATGTAACCCATGTTGACGCTTAAAATACTTTCACTCATTTTGCC
ACTAATAAATTATAAAGATTTTTTTTGTCTTTTCAGATTAAGATCATTTTAAATTTGGAA
ATATGGTAGTCTTTTTGCTCACCTGACGACGTTGAAATTTATTATTATCATGAGCGTCAT
ATTTAAATTTATCATCTTGATATACAACCGGATTTATTTAATTTAATACATATTTCTGTT
ACTAATTTATCTCTATAAATTTATTTGTTAACAACGCTTCGTATATGACCTCCAGAAATT
TATTGTTTAATCATACCAAAATAAATGAAAAATTGATTTTCACAAGATGGCGGCTGATGC
GCCATTGTTATCACGTTCAAAATGATCCTTGTCTTGCGTTGAGCTATCGATTCTCAGGTT
ACCTACCGAAGCTGGCTAACGTCTTATGCATATAAAGCAATAATACATTTAATTAATATA
CAAAGTACCAACTGTGCATTATTAAAATTTGTTAAAGCGATATTAGAAGAATTCCTTTAG
CTTGTCTTTGCCTAGCTGCATATCATATCCCGAAGGCGCCTCTCGGGTACAATTACGTTA
GAAAAGGGCAAGCAAGACCGGTGTTTTGATAAGCGTCATTTACACACTGGCTCTATAAAA
TAGTCGTTACACGAAATGAATCTATACAACAACACCAGACTTCGTCTTAGACGGAAACTT
ATAATTATCTTAGATAATATTTTCATTACGAGCAATAAAATGTGTTCAAATATTTAACGT
GCCCAATGTGAATTTTGATATTTCTGATAAAATTTCCATATTTTGTGATAATACCTGGCC
GCGCTGACCAGTTTTTGTGATCAATGATGAACCGTAAATGTGTAAATGTCGTTTTTTTAA
TCGTACGATTCGACGGGGCCACTGCGTTTTGATGTGGTAAGTGATTTAGTGCTAAATGTG
ATTACACTAAGAAACGGATAGGTGATAAATTTTACGACAAGAAATTCAAAGTACAAGTAC
AAAGTGATCATAGATTTCTCATTTTTTGATATCACGTTTTTAACGTGTTAAGATTAGTGA
AATAAGCCTTGTTGTTTGATGTGTACAATATTTTTGAACGTATTTCAATTGAACGGACTA
GAACCCGAAACGGTAGGAGGCTATTAAATGTATTTTTAGGTGTTGCCAGTTTTTCTTTTT
TTTCTTTCTATATCGGATCTTACCCTTCAATTTTTTTTAGTGCTCTGTAATCTAATACCC
CTCCTGTAAGCCTTTCTAGATGAACAAATTTTTTTAAATCACATTTCTAAATATTTTAAT
GTCTTTGACTATGGCGGTATGTCTTAAATTTCGTTTACGATCGATTACGTATAACTGTTT
AGGAGTGTGAGTATTGTGAATTGTAAGTAAGTAAAAGCGAATCCTATGTAATTAAGACCG
GTATAACCGTTATCGCTTTCTCGCTTGTACATATTTATTGAGCGAGGGAATTTTGAACAA
ATGTATATGCTTACTTAGCCTTTAATCTTGATGATTTGATATTCTGAATCGTAATATTTA
TGCTCATGTAACCATAACATAGTAATAGTAATGTAATAATATTATCAAAATATTTGGTGT
TGTAGTTTACGAAATTAAATCCCGTGCTATTTCGGGTATAGGTATTAATATGTACTAGTC
TTACATATTTACATTATCTATTTTCACTTGAAAAATGTATATTTAAGATGCTATGAATGT
CTTGTGAGATCTGACCAACGTAAACTGTTGTTTATACTCAAACCAAAGTGTCTAGCAGTG
AATTTGGCGAACCTAAAACAATTGTCAAATACAGTGCCTAAAAGAACCTCTCGGTCGGAA
ATACCAAACAAGAAATGTTAAATTATTTAAGCTTTCAGAATTACAAACTCTGGAATAATA
CTAAGGGTATATTTTTATTTTTTATTCTTCGAATATAATCGTAATGGGAACCGTCAGATC
GGAAGAGCGTCG
(6792 bp)

- SilkBase 1999-2023 -